莫囧网孙中山与黄兴并称“孙黄”，黄兴数次在紧要关头坚决力挺孙中山——“安危他日终须仗，甘苦来时要共尝”，从孙中山赠给黄兴的这副对联，也足见两人感情之深，信任之笃。但就是这一对亲密战友，在整个辛亥革命史中却是分歧不断。

　　1906年冬天，同盟会讨论未来中华民国的国旗。孙中山提议用青天白日旗作为国旗，因为这纪念着当年兴中会参与广州起义的诸烈士的鲜血。对此，黄兴坚决反对。

　　黄兴认为青天白日旗的形式不美，而且与日本的太阳旗相近，有日本并华之嫌，提议用井字旗作为国旗，因该旗有平均地权的含义。孙中山却不喜欢井字旗，认为该旗“既不美术，又嫌有复古思想”。而对于青天白日旗与日旗相近一事，孙中山提出可改作红蓝白三色，这样既符合自由、平等、博爱的真义，又增添美观。黄兴仍不接受。

　　双方意见无法统一，孙中山甚至放出狠话：“仆在南洋，托命于是旗者数万人，欲毁之，先摈仆可也。”听到孙中山的“不逊之言”，黄兴一怒之下找到宋教仁，表示要退出同盟会，断绝一切关系。据宋教仁记述：“盖逸仙素日不能开诚布公，虚心坦怀以待人，作事近于专制跋扈，有令人难堪处故也。今既如是，则两者感情万难调和，且无益耳，遂不劝止之。”

　　此事最终以黄兴让步告终。在写给胡汉民的信中黄兴说：“名不必自我成，功不必自我立，其次外功成而不居。先生(孙中山)何定须执着第一次起义之旗?然余今为党与大局，已勉强从先生意耳。”

　　此后几年，黄兴亲临前线，先后指挥了包括广州黄花岗起义在内的10余次武装行动。在这些行动中，“党军咸用青天白日满地红旗之三色旗为革命标帜”，黄兴“迭任主帅，从无反对之表示”。

　　1913年3月20日宋教仁遇刺，5天后孙中山在上海召开高干会议商议对策。孙中山主张联合日本，立即起兵推翻袁世凯，黄兴则反对借外力解决内争，主张靠法律解决宋案。

　　黄兴认为当时中国的边疆形势日益险恶，如果国内再发生战事，中国就有被列强瓜分的危险，而既然“民国已经成立，法律非无效力，对此问题，宜持以冷静态度，而待正当之解决”。

　　让黄兴最担心的还是南方武力不足以抗衡袁氏，况且当时内掌握重兵的人(广东陈炯明，湖南谭延闿等)都不愿此时出兵讨袁。单凭孙黄几个赤手空拳的人不能成事。

　　最终，孙中山还是选择了武力解决。黄兴则主动担起了“二次革命”武力讨袁的指挥重任。“二次革命”最终失败，孙黄流亡日本，在长达9个月的时间里只见过寥寥几次，关系降到了冰点。

　　流亡日本期间，孙中山认为二次革命的失败完全是丧失团结战斗精神所致，准备筹建新党即中华革命党，并亲自制定了党的章程。每个入党的人都被要求在一份誓约上按手印，发誓“愿牺牲一己之生命自由权利，附从孙先生，再举革命”，表示“永守此约，至死不渝，如有二心，甘受极刑”。

　　孙中山说：“革命必须有惟一之领袖，然后才能提挈得起。”然而黄兴认为，要求党员宣誓愿“牺牲一己之生命自由权利，附从孙先生，再举革命”，并在署名下加印指模，是不合时宜的，“前者不够平等，后者迹近侮辱”，两者都违背黄兴所信奉的平等自由精神。

　　黄兴的立场，曾招致陈其美等人刊文攻击。因陈的文章中颇多过激之辞，令黄兴极为不快，故黄兴对“中华革命党”也有着非常激烈的批评。1914年5月底6月初，孙中山致信黄兴，建议黄兴“静养两年”，黄兴随即黯然赴美。

　　即使到美国后，黄兴也从未公开表示过对孙中山的怨怼。李根源、程潜、柏文蔚等“黄派军人”组织欧事研究会，“别树一帜，与孙对抗”。他们欲推黄为领袖时，黄拒绝道：“党只有，领袖惟孙中山，其他不知也。”

　　革命党的分裂持续了两年，后来欧事研究会的成员基本都重归中华革命党及改组后的中国。1916年袁世凯被迫取消帝制，在孙中山与蔡锷等多次电报催促下，黄兴回国，与孙中山冰释前嫌。两人和好3个月后，黄兴因病去世，终年42岁。孙中山亲自主持了丧礼。

　　孙、黄二人的分歧无关个人品格，只同各自理念相关。黄兴长孙黄伟民评价孙、黄关系时说：“是兄弟，有分歧，有意见，但不能说是矛盾。”