都市召唤历史学系是复旦大学最为悠久的系科之一，1905年复旦公学高等正斋创设伊始，就在文科中开设有历史学课程。1925年正式设系，时称史学系。1937年随校本部迁往重庆，1938春改为史地学系。1949年夏，暨南大学和同济大学文学院并入复旦，由于地理教学力量较弱，其他院校史地也多分开设系，遂议决改为史学系。1952年全国院系调整时，因为得到江浙多所大学著名史家的加盟，复旦历史系获得前所未有的发展机遇。本系的教授，在中国史方面，有周予同、谭其骧、陈守实、胡厚宣、马长寿、蔡尚思、杨宽等；在世界史方面，有周谷城、王造时、耿淡如、陈仁炳、章巽、田汝康等。还有当时已脱颖而出的中青年史家，如程博洪、张荫桐、胡绳武、赵人龙、金冲及等。一大批学者汇聚于此，逐步形成了复旦历史系自身的研究特色。如周谷城关于世界古代史及其他领域的研究，谭其骧的中国历史地理研究，周予同的经学史研究，陈守实的中国土地制度研究，胡厚宣的甲骨文研究，蔡尚思的中国思想文化史研究，杨宽的先秦史研究，章巽的中国古代海上交通研究，田汝康的古代中国与东南亚地区的海上交通和华侨问题、民族问题研究等，都有很高的学术建树。如周予同先生所言，历史系的发展要定位于“为复旦争取学术地位”，正是老一辈学者的工作，奠定了历史学系在复旦大学、在中国史学界的学科地位。

　　1981年，教育部公布首批博士点，历史学系中国古代史、历史地理学、世界上古史中古史、世界地区史国别史专业占据其中4席。1994年被教育部列入“国家文科基础学科人才培养基地”，1996年建立了历史学博士后流动站，1997年成为中国国内首批五家获得历史学一级学科博士授予权的单位之一。近年来，在学科建设上也有所突破，2004年“中外现代化进程研究中心”列入教育部人文社科重点研究基地；2007年“中国近现代史”成为“国家重点学科”。

　　从1980年代后期起，原属历史系的历史地理和文物与博物馆专业，先后独立为历史地理研究所和文物与博物馆学系。复旦大学历史系则在历史学一级学科之下，设有史学理论与史学史、中国古代史、中国近现代史、世界史、专门史、历史文献学、当代中国史七个二级学科，各学科均招收硕士生和博士生。基于本科及研究生教学安排的需要，基本学科架构主要划分为中国古代史、中国近现代史、世界史，而在科研工作中，则不限于此。除此三者外，还按照专门史、历史文献学、西方史学史及史学理论等上述二级学科方向进行组织。

　　进入2011年，随着国务院学位委员会和教育部颁行新的学科目录，原历史学一级学科被拆分为中国史、世界史和考古学三个一级学科。复旦大学历史系将依照新调整的学科设置，根据自身传统的学科优势进行整合，努力在中国史和世界史两个研究领域进一步开拓创新，在人才培养与科学研究中不断取得新的成绩。在2017年第四次学科评估中，历史系中国史学科是全国仅有的两所中国史A+类学科之一。